名词解释:Tm值
的有关信息介绍如下:问题补充说明:名词解释
Tm值就是DNA熔解温度,指把DNA的双螺旋结构降解一半时的温度。不同落感序列的DNA,Tm值不同。DNA中G-C含量越非福初高,Tm值越高,成正比关系。
核酸Tm值(解链温报度)计算
评价标准是核酸所吸收的光线量达到其所增加吸收260n来自m光线的量的两倍达到的温度,
当核酸达到Tm值时,其260nm吸收量可增加百分之四十(紫外吸收量随解体程度而增加,直至完全解体。
长度为25mer以下的引物,Tm计算公360问答式为:Tm=4℃(G+C)+2℃(A+T)
对于更长的寡聚核苷酸语危念财玉并让岁足,Tm计算公式为:
Tm=81.5+16.6xLog10[Na+]+0.41(%GC)–600/size
公式中,Size=引物长度。
多种因素影响杂交的DNA的两条链之间的效率。这些包括杂交分子(DNA或RNA),其长度的性质,杂交环境(盐浓度和变性剂),探针浓度,并且它们的序列。
为膜结合的目标和中等长度的DNA探针,豪利等确该定的融解温度(Tm),在该探针的50%进行退火以它的互补链被定义为:
TM=81.5+16.6logM+41(%G+%C)-500/L-0.62F
其中
M=摩尔一价阳离子的浓度
%XG或C=G和C核苷酸的各馏分中的探针
L=长度退火的产物
F=摩尔甲酰胺浓度
例如,与序列AGGTCATTG短寡核苷酸探市半卫兰针在75mM的溶液未经甲酰胺具有预测的Tm=81.5+16.6log(0.075)+41(律翻白首友数江你0.33±0.11)-损史她斗苏钢省住积也9分之500-0.62代味妒振阻较解别酸(0)
=24.1℃,
这个方程是不适合的探针小于约50个核苷酸。这个等式的修饰包括
RNA的TM=79.8+18.5logM+58.4(%G+%C)11.8(%G+%C)2-820/L-0.35F
一种RNA-DNA杂交=79.8+18.5logM+58.4(%G+%C)11激.8(%G+%C)2-820/L-0.50F的TM
较大的数字反映了RN握度点迅代光A形成杂交的稳定性增加。
对于寡核苷酸,华莱士等确定
TD=2(A+T)4(C+G),其中TD=温度(℃),其中所述寡核苷酸的50%被退火到其膜结合的互补序列。在探头的每个特定核苷酸的数目被插入方程代替字母。该方程是在0.9M氯化钠短(14-20聚体)是有用的。
例适汉耐素如:对于序列AGGTCAT饭苏转挥扩被特系简TG,在TD=2(2+3),4(1+3)=2穿见然改集光护这六叶群6°C
当目标和探头都是免费的溶液中,加入7-8℃,到TD社温父支逐气皇他。
熔融温度在溶液中通过绘制OD相对于温度来确于矛什减意质顾进继硫汽定。S形曲线的中间点是资熔融温度。
熔点的其他估计基文医急住食担容会于近邻分析(由Genosys5审查)已被确定为DNA3或RNA4。布雷斯劳尔,等[3]发现,熔化DNA双链的行为是其一级序列可预测的。
在这里,
TM=1000(DH)/[A+DS)+喉返神经(CT/4)]-273.15+16.6log(钠离子)。
其中
DH=的近邻焓变的和移动的一个基站在同一时间,通过序列
A=校正配对的起始(=-10.8)
DS=最近邻熵的变化的总和
R=1.987卡度-1摩尔-1)
克拉是链的摩尔浓度。
自我互补链,术语“CT/4”被替换为衣原体。